ปัจจุบันเอสไอไอทีขยายการศึกษาเป็นสองวิทยาเขต ได้แก่ วิทยาเขตธรรมศาสตร์รังสิต และวิทยาเขตบางกะดี ทั้งสองวิทยาเขตอยู่ในพื้นที่กลุ่มวิสาหกิจเทคโนโลยีกรุงเทพตอนบนตามแผนยุทธศาสตร์ของสวทช.[7][8] ซึ่งในพื้นที่ประกอบไปด้วยสถาบันด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีที่สำคัญจำนวนมาก[9] เช่น อุทยานวิทยาศาสตร์ประเทศไทย, สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) (รวมถึงศูนย์วิจัยแห่งชาติในสังกัดอีก 4 แห่ง ได้แก่ ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ, ศูนย์เทคโนโลยีโลหะและวัสดุแห่งชาติ, ศูนย์เทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์แห่งชาติ, ศูนย์นาโนเทคโนโลยีแห่งชาติ), สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย (วว.), เทคโนธานี, เขตอุตสาหกรรมซอฟต์แวร์แห่งประเทศไทย (ซอฟต์แวร์พาร์ค), องค์การพิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ (อพวช.), สถาบันบัณฑิตวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีไทย และสถาบันเทคโนโลยีแห่งเอเชีย รวมถึงเขตอุตสาหกรรมไฮเทค และสถาบันอุดมศึกษาอื่น ๆ อีกจำนวนหนึ่ง. โดยเอสไอไอทีได้ร่วมมือและแลกเปลี่ยน ทั้งด้านการสอน วิจัย และถ่ายทอดเทคโนโลยี กับหน่วยงานเหล่านี้อย่างสม่ำเสมอ

ธรรมศาสตร์รังสิต

ตั้งอยู่ใน มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์รังสิต จังหวัดปทุมธานี ติดกับ อุทยานวิทยาศาสตร์แห่งประเทศไทย, สวทช., และ สถาบันเทคโนโลยีแห่งเอเชีย

บางกะดี

ตั้งอยู่ในสวนอุตสาหกรรมบางกะดี จังหวัดปทุมธานี โดยสาขาวิชาด้านการสื่อสาร, เทคโนโลยีสารสนเทศ, คอมพิวเตอร์, อิเล็กทรอนิกส์, และเมคคาทรอนิกส์ จะอยู่ที่วิทยาเขตนี้เป็นหลัก รวมถึงสาขาเทคโนโลยีการจัดการ การจัดการวิศวกรรม และการจัดการการดำเนินงาน